转录组文章代写 一套RNA-Seq数据发两篇文章,这篇5分文章可

 精选案例     |      2021-07-04 09:06

经过多年的研究,大部分老师已经保存了大量的转录组测序数据。一旦分析了许多样品的 mRNA 表达差异,数据就被搁置一旁。事实上,这些数据“废渣”中还有很多黄金等着你去挖掘。今天,我将介绍两篇典型的转录组测序文章。使用一组RNA-Seq数据,发表了两篇3-5分的文章。

研究人员重点研究了鸡脂肪代谢的分子调控机制,重点研究了雏鸡和蛋鸡肝组织转录组的差异。一组具体的RNA-Seq数据是:使用中国饲养的一株蛋鸡(鲁氏绿皮鸡),在同一个笼子里饲养6只母鸡,随机选择3只幼鸡(20周龄)和3只蛋鸡( 30 周龄),屠宰后,取肝组织进行后续 RNA-Seq 实验。研究人员利用这2只发育鸡的RNA-Seq(polyA富集文库构建)数据,3次重复,共6个样本,发表了3.73分和5.104分两篇文章。不错的文章。我们知道,除了大多数mRNAs有polyA尾巴外,很多lncRNA(长链非编码RNA)也有polyA尾巴。因此,polyA 富集文库构建的 RNA-Seq 数据将包含两种类型的 RNA 信息。研究人员充分利用这两部分数据,从不同类型的RNA入手:前一篇文章关注mRNA表达变化,后一篇文章关注lncRNA差异。

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第一条

第一篇文章于2015年发表于BMC Genomics,作者对RNA-Seq数据进行了常规分析,包括样本测序深度、测序数据质量统计、鸡参考基因组reads对比等。分布,仔鸡和蛋鸡中表达量前十的基因,可变剪接,GO和KEGG富集统计分析。最后,通过RNA-Seq分析,探讨了雏鸡和蛋鸡肝脏表达谱的差异,分析了脂代谢相关基因和相关通路转录组文章代写,以拓宽对鸡肝脂代谢的认识。

可以看出本文的框架是RNA-Seq的标准分析内容。如果说前几年只有转录组测序和分析mRNA表达差异才能发表好文章,那么依靠这种思维就越来越难了。然而,研究人员将注意力转向了现在非常流行的lncRNA,并结合SNP分析,终于在2018年10月,再次成功发表了5篇以上的文章。

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第 2 条

越来越多的证据表明 lncRNA 在哺乳动物肝脏脂质代谢中起着重要作用。此前,没有研究体系筛选蛋鸡肝脏中潜在的lncRNAs,相关lncRNAs对蛋鸡肝脏脂质代谢影响的报道也很少。因此,本研究通过分析转录组谱并结合SNP结果,探索雌激素诱导的与鸡脂代谢和胴体性状相关的lncRNA。

研究人员首先利用 NONCODEV5 和 Ensemble 数据库信息对之前的 RNA-Seq 数据进行重新注释,以获得已知和新的 lncRNA 信息。最终,在雏鸡和蛋鸡肝脏中获得了44种差异显着的lncRNA,其中已知30种,新发现14种,上调32种,下调12种。

之后,文章对lncRNA靶基因进行了预测和注释,并进行了GO和KEGG富集分析。文章还对第一篇文章中分析的差异表达lncRNA和差异mRNA进行了联合分析转录组文章代写,并使用miRanda软件预测差异lncRNA的miRNA,最终构建了交互作用网络。

接下来,文章对一种与肝脏甘油三酯合成调控相关的lncRNA,即lncLTR(a lncRNA as a Liver Triglyceride Synchronization Regulator)进行了深入研究,并通过qPCR验证了其表达。

最后,本研究利用F2代鸡群对SNP与lncRNA进行关联分析,发现lncLTR上的c242.G>一个多态性与体重等性状相关,表明SNP在lncLTR可能会影响甘油三酯的合成和鸡胴体性状。

以上两篇文章充分利用RNA-Seq数据系统分析了蛋鸡脂肪代谢mRNA和lncRNA的变化,为进一步研究分子调控机制奠定基础。

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